El 4 de enero la movilización de los sectores sociales se reinició dejando en puertas de la Prefectura una vigilia campesina. El 6 de enero la Corte Electoral, respondió afirmativamente a la consulta del Prefecto sobre la viabilidad de un nuevo referéndum autonómico. Mientras desde la prefectura se anunciaba la posibilidad de un traslado de su personal a otros recintos de funcionamiento, los sectores sociales anunciaban la radicalización de las medidas. El 9 de enero la violencia estalló cuando en medio de una movilización contra la autoridad departamental se desató el enfrentamiento y efectivos policiales gasificaron a los manifestantes. El saldo fue la detención de varios manifestantes, decenas de heridos, el edificio de la Prefectura incendiado y el jefe departamental de policía destituido de su cargo por la Ministra de Gobierno que no había autorizado la represión. Desde Santa Cruz el Comité Cívico emitió su respaldo a Manfred Reyes Villa y acusó al gobierno de ser instigador de la violencia. El gobierno envió al Ministro de la Presidencia para abrir el escenario de diálogo entre la prefectura y los sectores sociales pero no lo consiguió. Una marcha de jóvenes convocada por el Comité Cívico de Cochabamba en apoyo al prefecto y que había anunciado la intención de desalojar a los campesinos de la plaza, debió ser cancelada pues los sectores sociales habían masificado su presencia en los puntos de concentración. Desde la noche del 10 y durante el día 11 de enero, desde algunos medios radiales y televisivos se denunciaba el supuesto atropello de los campesinos que con su vigilia medraban el ornato público de la ciudad. Se convocaba a una nueva marcha en defensa del Prefecto, la democracia y la ciudad y a sumarse a la exigencia del Comité Cívico a que los campesinos desalojaran la Plaza Central de la Ciudad. El Prefecto abandonó la ciudad y el 11 de enero sorprendió en La Paz instalándose en una sesión de las Prefecturas de la Oposición que evaluaban la situación. Entre tanto, campesinos que llegaban a la ciudad para sumarse a la vigilia de los movimientos sociales fueron atacados por el autodenominado grupo Jóvenes por la Democracia, que dirigían la manifestación convocada por el Comité Cívico. Con palos, bates y armas de fuego, los campesinos fueron salvajemente atacados a pesar de los efectivos policiales que supuestamente resguardarían el orden. La masacre produjo una reacción popular sin precedentes: vecinos y sectores urbanos se incorporaron en defensa de los sectores campesinos atacados y los enfrentamientos violentos se generalizaron en la ciudad hasta que el ejército hubo de intervenir para poner fin a la violencia que dejó centenares de heridos y dos personas muertas. El pedido de renuncia del Prefecto se masificó, los sectores sociales tomaron la ciudad, mientras desde el gobierno se hacía esfuerzos por revertir una convulsión que rebasaba a las dirigencias. Finalmente el Poder Ejecutivo se pronunció declarando la ilegalidad del pedido de renuncia del Prefecto y dejando como salida a futuro un posible referéndum revocatorio. A pesar del desborde inicial de los sectores sociales, finalmente éstos se desmovilizaron y cesaron en su exigencia de renuncia. El prefecto cochabambino intentó capitalizar los hechos viajando de inmediato a denunciar ante la comunidad internacional un golpe desde el gobierno a la institucionalidad y la democracia en el país. La gira sin embargo no logró el apoyo pretendido y en Cochabamba, pese a los intentos por evitarlo, la legitimidad de las acciones de la primera autoridad departamental empezó a ser erosionada. Las denuncias de corrupción contra la autoridad Prefectural cochabambina ha sido una constante en el 2007: denuncias de compra de vehículos lujosos, la intención de adquirir un helicóptero para movilizarse en el departamento, baja ejecución presupuestaria, pagos escandalosos a medios de prensa, el reporte de obras sin ejecutar como realizadas, han sido solo algunas de las más sonadas denuncias que han suscitado enfrentamientos permanentes entre los consejeros departamentales que acusan y el prefecto que se declara perseguido políticamente. Un juicio en su contra de la primera Autoridad del Departamento por los sucesos de enero fue presentado y ha seguido curso, mientras que desde la prefectura se ha impulsado juicio a autoridades del Ejecutivo y se ha implicado a Senadores del MAS en los hechos del 11 de enero. El juicio contra el implicado en la muerte de Juan Tica Colque, campesino muerto por herida de bala en enero, llegó a su fin con la sentencia de 14 años de prisión a la persona detenida con el arma homicida. En el caso de Christian Urresti, del grupo Jóvenes por la Democracia (también muerto en el conflicto), los autores no han sido identificados y el crimen sigue sin ser esclarecido.
En Septiembre, una pugna entre los municipios de Vacas y Arani por el traslado de la Normal, volvió a generar el enfrentamiento en Cochabamba con saldo de una persona muerta. La prefectura acusó al Gobierno de ser causante de la muerte y éste por su parte denunció la presencia de infiltrados en las movilizaciones e implicó a la Prefectura que movilizó a sus adeptos en el Valle Alto para profundizar el conflicto y darle un perfil de crisis nacional.