La subcuenca Huanuni, situada en el sudeste del lago Uru Uru, afecta a cuatro municipios: Huanuni, Machacamarca, El Choro y Poopó, siendo Huanuni y Machacamarca de carácter agro-minero. La actividad minera y los extensos cultivos han deteriorado la situación ambiental en las últimas décadas, impactando negativamente la producción agropecuaria.
Entre las actividades minero-metalúrgicas destacadas en la subcuenca están la Empresa Minera Huanuni, conocida por sus ricos yacimientos de estaño, y varias minas menores, así como cooperativas de minería artesanal. Los ríos San Juan de Sora Sora, Huanuni y Santa Fe son los principales afectados por la contaminación.
Desde 2007, la CORIDUP (Coordinadora en Defensa de la Cuenca baja del río Desaguadero, lagos Uru Uru y Poopó) ha solicitado la Declaratoria de Zona de Emergencia Ambiental en la subcuenca Huanuni, respaldada por reuniones e inspecciones con autoridades competentes. Las comunidades argumentan la urgente necesidad de esta declaración para proteger su entorno y medios de vida.
